Trước tình hình dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân ở nước ngoài về nước. Chính phủ giao Văn phòng Chính phủ có nhiệm vụ tập hợp tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt kế hoạch tổ chức các chuyến bay theo đề xuất của Bộ Ngoại giao. Bộ Ngoại giao (thông qua Cục Lãnh sự) có nhiệm vụ xây dựng, đề xuất kế hoạch tổ chức các chuyến bay combo; chủ trì và xin ý kiến, trao đổi thống nhất với các Bộ trong Tổ công tác và báo cáo, trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt, quyết định và thông báo việc thực hiện chuyến bay. Bốn Bộ còn lại gồm: Bộ Y tế, Bộ Giao thông Vận tải, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an theo chức năng, nhiệm vụ về công tác phòng, chống dịch cho ý kiến việc phê duyệt gửi Bộ Ngoại giao, UBND một số tỉnh, thành phố được giao nhiệm vụ cho chủ trương cách ly tại địa phương.
Quy trình cấp phép các chuyến bay combo được thực hiện như sau: Doanh nghiệp có nhu cầu xin được chủ trương cách ly tại địa phương và gửi hồ sơ đến Bộ Ngoại giao (Cục Lãnh sự). Trên cơ sở hồ sơ này, Cục Lãnh sự lấy ý kiến Tổ công tác của các Bộ, ngành và trình Chính phủ duyệt, sau đó thông báo cho doanh nghiệp được tổ chức thực hiện chuyến bay.
Thực hiện chủ trương trên, trong quá trình cấp phép các chuyến bay, phê duyệt cách ly tại địa phương và giải quyết vụ án, từ tháng 9/2020 đến tháng 12/2022, một số cá nhân thuộc các Bộ, ngành được giao nhiệm vụ cấp phép chuyến bay, cách ly ở địa phương và một số cá nhân đại diện doanh nghiệp, cùng một số đối tượng khác đã thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.