Đường lối đổi mới toàn diện, trước hết là đổi mới tư duy kinh tế nhằm phát huy những năng lực và giải phóng tiềm năng sẵn có do Đại hội lần thứ VI của Đảng đề xướng đã làm chuyển biến nhận thức và hành động trong toàn xã hội nói chung và trong hoạt động công đoàn nói riêng.
Đại hội lần thứ VI Công đoàn Việt Nam họp từ ngày 17 đến ngày 20/10/1988 tại Hà Nội. Dự đại hội có 834 đại biểu của 58 đoàn cùng với 225 đại biểu khách mời, 59 đại biểu của 32 đoàn khác quốc tế. Đại hội đã xác định “Việc làm, đời sống, dân chủ và công bằng xã hội” là mục tiêu hoạt động của công đoàn các cấp.
Đại hội quyết định đổi tên Tổng Công đoàn Việt Nam là Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đổi tên Liên hiệp công đoàn tỉnh, thành phố, đặc khu, huyện, thị xã là Liên đoàn lao động tỉnh, thành phố, đặc khu, huyện, thị xã. Bỏ chức danh Tổng thư ký, Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam là người đứng đầu Ban Chấp hành và Ban Thư ký Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam; thay chức danh Thư ký công đoàn các cấp bằng chức danh Chủ tịch công đoàn. Đại hội đã bầu đồng chí Nguyễn Văn Tư - Ủy viên dự khuyết Ban chấp hành Trung ương Đảng làm Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đại hội VI Công đoàn Việt Nam được ghi nhận là Đại hội đổi mới của phong trào công nhân và tổ chức Công đoàn Việt Nam.
Ngày 30/6/1990, kỳ họp thứ VII Quốc hội khóa VIII đã thông qua Luật Công đoàn, Luật này thay thế Luật Công đoàn đã công bố ngày 5/11/1957. Luật Công đoàn năm 1990 là cơ sở pháp lý để phát huy vai trò của công đoàn trong thời kì mới, bảo đảm quyền dân chủ và lợi ích của người lao động trong quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Vị trí, vai trò của tổ chức Công đoàn đã được xác định rõ hơn trong hệ thống chính trị của nước Việt Nam.
Tháng 6/1991, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VII của Đảng tiếp tục khẳng định và phát triển đường lối đổi mới, xác định mục tiêu tổng quát cho 5 năm 1991-1995 là: vượt qua khó khăn thử thách, ổn định và phát triển kinh tế-xã hội, tăng cường ổn định chính trị, đẩy lùi tiêu cực và bất công xã hội đưa Việt Nam cơ bản ra khỏi tình trạng khủng hoảng.
Trong tình hình mới, Công đoàn đã chú trọng đổi mới tổ chức, nội dung, phương thức hoạt động theo hướng sát cơ sở, lấy người lao động làm đối tượng vận động, tập hợp, lấy chăm lo, bảo vệ quyền, lợi ích, hợp pháp, chính đáng của người lao động và nâng cao hiệu quả sản xuất, kinh doanh làm mục tiêu hoạt động.
Năm 1992, Chính phủ ra Nghị định về quyền và trách nhiệm của công đoàn cơ sở trong các doanh nghiệp, cơ quan. Điều 10 của Hiến pháp 1992 quy định về vị trí, vai trò của tổ chức Công đoàn Việt Nam. Năm 1994, Thủ tướng Chính phủ ban hành quy chế về mối quan hệ công tác giữa Chính phủ với Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đó là những cơ sở pháp lý cần thiết bảo đảm cho công đoàn hoạt động tốt.
Từ ngày 9 đến 12/11/1993, Đại hội lần thứ VII Công đoàn Việt Nam đã họp tại Hà Nội. Tham dự Đại hội có hơn 600 đại biểu thay mặt cho công nhân, viên chức và lao động khắp mọi miền đất nước. Đại hội đánh giá cao sự cống hiến của toàn thể công nhân lao động, trí thức, văn nghệ sĩ trong tất cả các cơ sở sản xuất, kinh doanh, phục vụ, an ninh và quốc phòng, các cơ quan quản lý nghiên cứu khoa học các trường học, bệnh viện, các đơn vị hành chính sự nghiệp. Nghị quyết Đại hội VII Công đoàn Việt Nam khẳng định: “Trong bước ngoặt đầy thử thách, giai cấp công nhân nước ta đã tỏ rõ bản lĩnh chính trị vững vàng, vượt qua mọi khó khăn trong bước đầu chuyển sang cơ chế thị trường, hăng hái đi đầu trong công cuộc đổi mới, góp phần quan trọng vào sự phát triển kinh tế xã hội, củng cố quốc phòng và an ninh của đất nước, giữ vững ổn định về chính trị”. Đại hội xác định mục tiêu hoạt động công đoàn trong những năm tới là “Đổi mới tổ chức và hoạt động công đoàn, góp phần xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, chăm lo và bảo vệ lợi ích của công nhân lao động”
Đồng chí Nguyễn Văn Tư - Ủy viên Trung ương Đảng, được bầu lại làm Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Quốc hội khóa IX kỳ họp thứ 5, tháng 6/1994 đã thông qua Bộ luật Lao động. Trong đó quy định vai trò của tổ chức Công đoàn đối với người lao động trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Bộ luật Lao động đã thể chế hóa đường lối đổi mới của Đảng Cộng sản Việt Nam và cụ thể hóa các quy định của Hiến pháp năm 1992 về lao động và quản lý lao động. Bộ luật Lao động xác định nhiệm vụ của Công đoàn: “Tham gia cùng với cơ quan nhà nước, tổ chức kinh tế-xã hội, chăm lo và bảo vệ quyền lợi của người lao động, tham gia kiểm tra, giám sát việc thi hành các quy định của pháp luật lao động (Chương 1, Điều 12). Luật Lao động quy định cụ thể về trách nhiệm của công đoàn tham gia xây dựng Thỏa ước lao động tập thể (Chương V), chế độ tiền lương (chương VI), và công tác an toàn lao động, vệ sinh lao động. Bộ luật Lao động giành toàn bộ chương XIII - Công đoàn để xác định rõ các việc doanh nghiệp đang hoạt động sau 6 tháng phải thành lập tổ công đoàn (Điều 153), mối quan hệ giữa người sử dụng lao động, người lao động và tổ chức công đoàn (Điều 154, 155, 156).