Việt Nam và Uganda chính thức thiết lập quan hệ ngoại giao ngày 9/2/1973.
Trong lịch sử, Lãnh đạo và nhân dân Uganda luôn tích cực ủng hộ cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân Việt Nam. Điển hình là việc thành lập Ủy ban Uganda đoàn kết với Việt Nam; ra Tuyên bố chung với Syria về việc hoàn toàn ủng hộ lập trường của Việt Nam và yêu cầu Mỹ rút toàn bộ quân đội khỏi Việt Nam nhân chuyến thăm Syria của Tổng thống Uganda đầu những năm 70 của thế kỷ XX; lên án chính sách Việt Nam hóa chiến tranh của Tổng thống Mỹ Nixon; Ngoại trưởng Uganda đã lên án Mỹ tàn sát nhân dân Việt Nam tại Đại hội đồng Liên hợp quốc khóa 29 năm 1974.
Hiện nay hai nước vẫn chưa mở Đại sứ quán tại thủ đô của nhau.
Kể từ khi thiết lập quan hệ ngoại giao đến nay, quan hệ hai nước luôn được duy trì, phát triển tốt đẹp trên nhiều lĩnh vực chính trị, kinh tế, thương mại, đầu tư, nông nghiệp… Đặc biệt, hợp tác nông nghiệp được coi là một điểm sáng trong quan hệ hai nước hiện nay. Hai bên đã ký kết Biên bản ghi nhớ hợp tác trong lĩnh vực nông nghiệp và thủy sản (tháng 3/2019)...