Cuối năm 1885 đầu năm 1886, phong trào đấu tranh chống Pháp của tầng lớp văn thân sĩ phu và nhân dân các tỉnh Bắc Kì, Trung Kì bùng phát mạnh mẽ theo lời kêu gọi kháng chiến của Vua Hàm Nghi, bất chấp sự thỏa hiệp đầu hàng của triều đình Huế, trong đó Thanh Hóa là địa phương có truyền thống đấu tranh kiên cường bất khuất, được Vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết đặt nhiều kì vọng. Ngay sau khi Vua Hàm Nghi hạ “Chiếu Cần Vương”, các tầng lớp văn thân sĩ phu và nhân dân Thanh Hóa đã nhiệt tình hưởng ứng, xây dựng thành phong trào chống Pháp sôi nổi và phát triển rộng khắp các vùng miền từ đồng bằng tới miền núi, với trung tâm kháng chiến lớn là Ba Đình - Mã Cao ở Nga Sơn, ngoài ra, còn nhiều căn cứ kháng chiến ở các huyện Tĩnh Gia, Nông Cống, Vĩnh Lộc, Thường Xuân... Một trong những căn cứ kháng chiến gắn liền với cuộc khởi nghĩa lớn trên đất Thanh Hóa lúc bấy giờ là Hùng Lĩnh (tên một dãy núi thuộc xã Vĩnh Tân, huyện Vĩnh Lộc), do Tống Duy Tân cùng Cao Điền tổ chức và lãnh đạo. Cuộc khởi nghĩa gồm 2 giai đoạn.

Giai đoạn 1 (1885-88), tập dượt, xây dựng và tổ chức lực lượng. Tháng 7.1885, sau khi có “Chiếu Cần Vương” của Vua Hàm Nghi, Tống Duy Tân và những người cùng chí hướng bí mật tập hợp lực lượng, xây dựng căn cứ chuẩn bị khởi nghĩa. Địa bàn đầu tiên được lựa chọn là hai làng Bồng Trung và Đa Bút. Dựa vào địa thế tự nhiên hiểm trở, phía trước là sông Mã, phía sau là núi Hùng Lĩnh, Tống Duy Tân tổ chức nơi đây thành làng chiến đấu, có chốt canh gác cẩn mật cùng hệ thống công sự, hào chiến đấu ở phía trong và xung quanh làng. Việc chiêu mộ lực lượng và luyện tập Quân sự được tổ chức ngay tại căn cứ; công tác bảo đảm lương thực cho nghĩa quân chủ yếu do nhân dân nơi đóng quân và một số vùng lân cận đóng góp. Tại làng Bồng Trung, Tống Duy Tân cho lập một số lò rèn và huy động thợ giỏi từ các huyện Vĩnh Lộc, Hà Trung, Yên Định tới giúp chế tạo các loại gươm, giáo, kiếm, đúc đạn chì cỡ nhỏ, sửa chữa súng kíp, súng hỏa mai..., nhằm chủ động bảo đảm cung cấp vũ khí trang bị cho nghĩa quân. Cùng với làng Bồng Trung, làng Đa Bút được bố trí vừa là nơi luyện tập quân sự, vừa là địa điểm bí mật cất giấu lương thực và vũ khí của nghĩa quân.
Trong quá trình xây dựng căn cứ và tổ chức lực lượng, Bộ chỉ huy nghĩa quân do Tống Duy Tân và Cao Điền giữ vai trò chủ chốt cùng các thủ lĩnh như Nguyễn Sự Chí, Phạm Lê Khải, Trịnh Văn Khôi, Lãnh Dơi, Lãnh Tráng... còn tích cực phối hợp hoạt động với các lực lượng khác trong vùng, nhất là với lực lượng nghĩa quân Đinh Công Tráng, Trần Xuân Soạn trong Khởi nghĩa Ba Đình (1886-87). Bên cạnh đó, việc rèn luyện kĩ chiến thuật và kỉ luật nhằm nâng cao khả năng chiến đấu cho binh sĩ cũng được Bộ chỉ huy nghĩa quân đặc biệt quan tâm, trong đó việc rèn luyện kỉ luật được coi trọng hàng đầu, có khen thưởng và xử phạt nghiêm minh với hình thức phạt nặng hành vi bỏ vị trí hay lùi bước trong chiến đấu. Bằng những cố gắng nỗ lực như trên, cùng với sự ủng hộ, giúp đỡ và tham gia nhiệt tình của các tầng lớp nhân dân, chỉ trong thời gian ngắn lực lượng nghĩa quân đã tăng lên đáng kể, bước đầu xây dựng được căn cứ và tiến hành các hoạt động chiến đấu.
Ngày 8.11.1885 diễn ra trận đánh đầu tiên của nghĩa quân chống lại cuộc càn quét của quân Pháp từ Thanh Hóa ngược sông Mã lên làng Bồng Trung. Ngày 22.12.1885 nghĩa quân tổ chức trận phục kích nghi binh tại khu vực Chùa Cổ nằm giữa hai làng Bồng Trung và Đa Bút. Đây là những trận đánh mở màn, tuy không lớn nhưng có ý nghĩa động viên khích lệ lớn đối với tinh thần chiến đấu của nghĩa quân và tạo dựng lòng tin của nhân dân. Phát huy thắng lợi đã giành được, trong những tháng đầu năm 1886 nghĩa quân Hùng Lĩnh phối hợp chiến đấu với các lực lượng nghĩa quân khác mở cuộc tiến công vào tỉnh lị Thanh Hóa và một số nơi trên địa bàn, góp phần làm phân tán lực lượng và ngăn chặn việc thiết lập chính quyền của địch ở các địa phương.
Năm 1887, sau khi căn cứ Ba Đình - Mã Cao của nghĩa quân Ba Đình bị triệt hạ, phong trào chống Pháp ở Thanh Hóa gặp nhiều tổn thất và đứng trước nguy cơ tan vỡ. Để tiếp tục duy trì và đẩy mạnh hoạt động khởi nghĩa trong điều kiện quân Pháp liên tục đàn áp và truy lùng gay gắt, Tống Duy Tân chủ trương tăng cường và bổ sung thêm lực lượng bằng cách mở rộng quan hệ, tạo sự liên kết phối hợp chiến đấu với các lực lượng yêu nước khác trên cả nước. Thực hiện chủ trương trên, trong những năm 1887-88, Tống Duy Tân quyết định tạm lánh ra Bắc, liên lạc với một số thủ lĩnh nghĩa quân vùng Hưng Hóa, Sơn Tây (Đề Kiều, Đốc Ngữ), nghĩa quân Hoàng Hoa Thám ở Yên Thế (Bắc Giang), sau đó còn phối hợp với nghĩa quân Phan Đĩnh Phùng ở Hương Khê (Hà Tĩnh).

Giai đoạn 2 (1889-92), củng cố và phát triển lực lượng tiếp tục tiến công, chống quân Pháp càn quét, khủng bố. Sau gần 2 năm tìm kiếm sự hỗ trợ của các lực lượng kháng chiến ở Bắc Kì, đầu năm 1889, Tống Duy Tân trở về Thanh Hóa tập hợp lực lượng gây dựng lại phong trào, lập căn cứ mới tại Vận Động (Nông cống, Thanh Hóa), với vai trò người lãnh đạo chính phong trào chống Pháp ở Thanh Hóa. Dưới sự lãnh đạo của Tống Duy Tân, phong trào dần hồi phục, thu hút được sự tham gia của đông đảo nhân dân và các lực lượng yêu nước còn lại ở Thanh Hóa như Cao Điền, Tôn Thất Hàm, Cầm Bá Thước... Ngoài ra, do liên lạc được với lực lượng nghĩa quân vùng hạ lưu sông Đà và nghĩa quân Hương Khê, Tống Duy Tân có thêm điều kiện thuận lợi để tăng cường lực lượng và mở rộng địa bàn hoạt động ra khắp vùng hữu ngạn và tả ngạn sông Đà; theo đó, lực lượng của nghĩa quân tại mỗi huyện đều tổ chức một cơ lính từ 200 người trở lên, lấy tên huyện để gọi như Tống Thanh cơ (Tống Sơn, Thanh Hóa), Nông Thanh cơ (Nông cống, Thanh Hóa).
Phát hiện hoạt động của nghĩa quân, ngày 8.10.1889 trưởng đồn Nông Cống là thiếu úy Moocphông chỉ huy 4 lính Pháp và 20 lính khố đỏ tiến vào căn cứ Vận Động, bị bộ phận nghĩa quân do Cao Điền chỉ huy phục kích, diệt tại chỗ thiếu úy Moocphông cùng 4 lính Pháp và 4 lính khố đỏ, buộc số còn lại phải rút chạy. Ba ngày sau, Lơbron (công sứ Thanh Hóa) tiếp tục đem quân từ tỉnh lị lên đàn áp, nhưng cũng bị nghĩa quân chặn đánh tại Cồn Giếng diệt hàng chục lính. Sau 2 trận thắng liên tiếp, nhận định Pháp sẽ đưa quân đàn áp, Tống Duy Tân và Cao Điền kịp thời di chuyển lực lượng về Đa Bút củng cố trận địa chuẩn bị đối phó.
Đúng như dự đoán của Bộ chỉ huy nghĩa quân, ngày 20.10.1889 Đại tá Bacbơrê chỉ huy 185 quân Pháp từ Thanh Hóa lên đánh vào căn cứ Vận Động, sau đó theo dấu vết nghĩa quân đến Đa Bút. Tại đây, ngày 2.11.1889 diễn ra trận đánh ác liệt và kéo dài gây tổn thất cho cả hai bên. Quân Pháp với ưu thế hơn về binh lực, sau khi chiếm được căn cứ Đa Bút đã tiến hành triệt phá làng mạc và tàn sát nhiều dân thường vô tội. Trong khi đó, để bảo toàn lực lượng, ngay trong đêm 2.11, nghĩa quân nhanh chóng rút về Phố Cát (huyện Thạch Thành, vùng tiếp giáp giữa Thanh Hóa và Ninh Bình), rồi chuyển về miền tây Thanh Hóa tiếp tục xây dựng căn cứ mới ở làng Vạn Lại (tây bắc huyện lị Thọ Xuân 6 km). Thời gian này, lực lượng nghĩa quân tăng lên đáng kể do có thêm lực lượng của Trần Xuân Soạn, đồng thời hoạt động của nghĩa quân cũng dần được đẩy mạnh trên địa bàn các huyện Yên Định, Thọ Xuân, Nông Cống.
Lo ngại trước hoạt động mạnh của nghĩa quân, toàn quyền Pháp ở Đông Dương quyết định cử Trung tá Lơphevơrơ thay Đại tá Bacbơrê, đưa thêm lực lượng kị binh và pháo lớn vào Thanh Hóa phối hợp đàn áp. Ngày 30.11.1889, quân Pháp do Lơphevơrơ chỉ huy đánh vào căn cứ Vạn Lại. Nghĩa quân dựa vào công sự kiên cố đẩy lui nhiều đợt tiến công, trong đó bắn bị thương Lơphevơrơ và buộc quân Pháp phải rút chạy về Yên Lược (nam Vạn Lại 4 km) để chờ viện binh. Tại đây, đêm 2.12, nhờ sự giúp đỡ của nhân dân, nghĩa quân do Tống Duy Tân trực tiếp chỉ huy bất ngờ tập kích gây cho quân Pháp nhiều thiệt hại, sau đó nhanh chóng rút lui về Vạn Lại.
Mặc dù bị tổn thất nặng nề, nhưng thực dân Pháp vẫn không từ bỏ âm mưu tìm diệt nghĩa quân. Trong những tháng đầu năm 1890, với lực lượng được tăng viện thêm 500 quân và 2 pháo do Trung tá Lacan chỉ huy, quân Pháp liên tục tổ chức các cuộc càn quét, song vẫn không truy đuổi và tiêu diệt được nghĩa quân, ngược lại còn bị nghĩa quân dùng cách đánh phục kích, tập kích gây thêm nhiều thiệt hại, trong đó tiêu biểu là trận đánh ở Nông Cống ngày 6.3.1890. Từ giữa năm 1890 đến năm 1891, Tống Duy Tân và Cao Điền bí mật rút quân về châu Thường Xuân (quê hương và căn cứ của Cầm Bá Thước) để củng cố lực lượng, chờ thời cơ tiếp tục duy trì hoạt động. Tuy nhiên, qua thời gian chiến đấu liên tục và kéo dài, bị quân Pháp truy đuổi gắt gao trên địa bàn nhiều huyện miền núi và đồng bằng (Thọ Xuân, Nông Cống, Thiệu Hóa, Yên Định, Vĩnh Lộc, Thường Xuân, Ngọc Lặc, Lang Chánh), khiến cho hoạt động của nghĩa quân ngày càng khó khăn, lực lượng tổn thất, vũ khí lương thực cạn kiệt.
Đầu năm 1892, lực lượng nghĩa quân chỉ còn hơn 100 người và 50 súng, trong khi quân Pháp vẫn tăng cường khủng bố và tìm mọi cách cắt đứt liên lạc giữa nhân dân và nghĩa quân. Trước tình hình đó, Tống Duy Tân và Cao Điền bí mật rút quân về vùng núi hẻo lánh ở Niên Kỉ thuộc châu Quan Hóa (nay thuộc huyện Bá Thước, tỉnh Thanh Hóa) nhằm tránh sự truy lùng của quân Pháp. Tại đây, ngày 18.5.1892, nghĩa quân Hùng Lĩnh phối hợp với nghĩa quân Đốc Ngữ tổ chức trận đánh cuối cùng chống lại cuộc càn quét của 1 đại đội quân Pháp thuộc Đạo quan binh 4 Sơn La do Quan năm Pennơcanh chỉ huy. Sau chiến thắng này, nghĩa quân Đốc Ngữ trở về vùng hạ lưu sông Đà; còn lại Tống Duy Tân và Cao Điền chủ trương phân tán lực lượng và dựa vào sự che chở của nhân dân để tiếp tục hoạt động, nhưng cũng chỉ duy trì cuộc khởi nghĩa được thêm một thời gian ngắn, sau khi Tống Duy Tân bị bắt (5.10.1892) tại căn cứ Hang Dong thuộc tổng Thiết Ống (Quan Hoá), rồi bị xử chém ngày 15.10.1892 (riêng Cao Điền trốn thoát ra Bắc định liên lạc với nghĩa quân Yên Thế ở Bắc Giang, nhưng đến đầu năm 1896 cũng bị Pháp bắt và đưa về xử chém tại Thanh Hóa).

Khởi nghĩa Hùng Lĩnh là một trong những cuộc khởi nghĩa tiêu biểu của Phong trào Cần Vương chống Pháp cuối thế kỉ 19 của nhân dân Việt Nam, đồng thời là cuộc khởi nghĩa lớn thứ hai ở Thanh Hóa sau khởi nghĩa Ba Đình, với vai trò lãnh đạo của tầng lớp văn thân sĩ phu yêu nước. Hoạt động của nghĩa quân Hùng Lĩnh với đặc điểm chủ yếu là tổ chức phòng thủ, dựa vào các căn cứ và địa hình hiểm yếu để chống lại quân Pháp có binh lực mạnh hơn; ngoài ra, các thủ lĩnh nghĩa quân tuy cũng có chủ trương tìm sự liên kết phối hợp với các lực lượng yêu nước khác, nhưng trên thực tế vẫn chỉ hoạt động đơn độc, do đó kết cục thất bại là khó tránh trong điều kiện lịch sử lúc bấy giờ.
Mặc dù vậy, cùng với các cuộc khởi nghĩa khác trong Phong trào Cần Vương, Khởi Nghĩa Hùng Lĩnh đánh dấu thời kì đấu tranh chống Pháp của nhân dân Việt Nam dưới sự lãnh đạo của tầng lớp văn thân sĩ phu yêu nước, sau khi triều đình Nguyễn đã thỏa hiệp đầu hàng. Điều đó khẳng định tinh thần yêu nước và ý chí kiên cường, bất khuất của dân tộc Việt Nam trong lịch sử đấu tranh chống ngoại xâm, để lại nhiều bài học kinh nghiệm quý báu, đồng thời mở ra giai đoạn mới cho cuộc đấu tranh giành độc lập của nhân dân Việt Nam cuối thế kỉ 19 đầu thế kỉ 20.

Nguồn: Bách Khoa toàn thư Quân sự Việt Nam, Quyển 1: Lịch sử Quân sự (Nhà xuất bản Quân đội Nhân dân - năm 2015)